如今，人们在大力发展经济的同时，也对自然生态环境造成了严重破坏。各种污染随处可见，尤其是大气、土壤和水资源的污染，引起了社会各界的广泛关注。因此，加强环境监测势在必行。下面就说说全自动固相萃取仪在环境监测中的应用。
1、在大气环境监测中的应用
二氧化碳等有毒有害气体的大量排放增加了大气环境中有机污染物的数量。如果人体过量吸入这些污染物，会对身体器官造成一定程度的伤害，严重时甚至会引起致癌病变。
使用固相微萃取监测大气环境时，需要提取不同浓度的气态样品，实现定量分析。为保证所选气态样品可作为标准样品，样品应满足以下条件：一是气态分析物浓度在特定时间内保持恒定；其次，在保证气态分析物浓度的基础上，进一步提高气态分析物的标准；第三，应保证在实际监测实验阶段能够获得与样品浓度相同的气态分析物。
2、在土壤环境监测中的应用
SPME可用于确定土壤和沉积物中目标组分的特定浓度。根据这一结果，可以监测土壤中有机污染物的转化和降解过程。以代谢物降解的监测过程为例，介绍了该方法的应用。全自动固相萃取仪可以测定多环芳烃的降解过程。经测定发现，芴菲芘在细菌作用下降解时，全过程形成10多种微量代谢物，不仅包括芴的降解产物，还包括菲和芘的代谢物。根据测量结果，可以准确、快速地测量上述代谢物的比浓度变化，有助于监测人员了解土壤中有机物的降解过程，进而为评价提供依据的环境污染。
3、在水质监测中的应用

目前，全自动固相萃取仪广泛应用于水质监测，可测定多种化合物，如镍、铅、汞、锡等有机金属化合物；农药化合物，例如除草剂和杀虫剂；硫化物、MTBE等有机污染物。